Heves reakciókat váltott ki a román sportsajtóban a Hungary Today angol nyelvű cikke, amely a labdarúgó-világbajnokság történetének 1000. mérkőzése után erdélyi magyar játékvezetőként írt Kovács Istvánról. Az ügyet a ProSport is külön cikkben tárgyalta, kifogásolva, hogy a magyarországi, angol nyelvű portál a Nagykárolyban született játékvezető magyar származását emelte ki, miközben Kovács a FIFA rendszerében Romániát képviseli.
A vita apropóját a Tunézia–Japán (0–4) mérkőzés adta, amelyet Kovács István vezetett. A találkozó nemcsak a bíró világbajnoki bemutatkozása miatt volt különleges, hanem azért is, mert ez volt a vb-történelem ezredik mérkőzése. A meccs előtt Pierluigi Collina, a FIFA játékvezetői bizottságának elnöke különleges mezt adott át a játékvezetői csapatnak, amely az alkalomhoz illő arany részleteket és egyedi jelzést kapott.
A ProSport cikke ugyanakkor nem elsősorban a szakmai elismerésre helyezte a hangsúlyt, hanem arra, hogy a Hungary Today címében Kovács „Hungarian referee from Transylvania”, vagyis erdélyi magyar játékvezetőként szerepelt. A román portál szerint ez azért vitatható megfogalmazás, mert Kovács István román játékvezetőként van jelen a világbajnokságon, és hivatalosan Romániát képviseli a nemzetközi futballban.
Ezek között lelátói megnyilvánulások és klubvezetői nyilatkozatok is szerepeltek. A sor 2013. október 20-án, a Gyurgyevói Astra–Dinamo mérkőzésen kezdődött látványosan, amikor a Dinamo-szurkolók a játékvezetőt magyarsága miatt szidták. Az azóta Sepsiszentgyörgyön futballozó Cosmin Matei megtapsolta a drukkereket, amiért kiállították, a játékvezetői jelentés szerint pedig a gesztusával a xenofób skandálást bátorította. Az ügy így nemcsak lelátói botrányként, hanem fegyelmi esetként is folytatódott.
Egy évvel később, 2014 augusztusában a Brassói FC–Galaci Oțelul mérkőzésen is xenofób rigmusok hangzottak el Kovács István ellen. A brassói nézők szidalmait a játékvezető jelentette, az ügynek pedig fegyelmi következménye is lett, a klubot pénzbírsággal és részleges lelátóbezárással büntették. Ugyanebben a hónapban, 2014. augusztus 22-én a Concordia–Dinamo találkozón már félbe is kellett szakítani a játékot néhány percre, miután a Dinamo-tábor ismét magyarellenes rigmusokat skandált. Kovács jelezte a mérkőzés megfigyelőjének, hogy ha a szidalmazás folytatódik, akár le is fújhatja a meccset.
A 2017. április 2-án rendezett FCSB–Dinamo rangadón a Dinamo szurkolói újra etnikai alapon támadták a nagykárolyi születésű játékvezetőt. A 2022. április 1-jei Krajovai FCU–Mioveni SK mérkőzésen Kovács már a 10. percben megállította a játékot, miután Bradley Diallo kiállítása után az olténiai tábor Magyarországot és őt magát célzó xenofób rigmusokat skandált. Néhány hónappal később, 2022. augusztus 12-én, az Argeș FC–Krajovai FCU találkozón ismét az oltyán szurkolók vették célba magyarsága miatt.
A legutóbbi dokumentált eset 2026. február 9-én, a Dinamo–Krajovai Universitatea mérkőzésen történt. Kovács István ekkor is rövid időre megállította a játékot, hogy a hangosbemondón keresztül figyelmeztessék a szurkolókat a rasszista és xenofób skandálások miatt. A lefújás után egy tárgy is eltalálta, miközben a lelátóról ismét magyarellenes rigmusok hangzottak el.
A lelátói eseteken túl több nyilatkozati botrány is kapcsolódott Kovács István származásához. Gigi Becali, az FCSB tulajdonosa már 2010-ben is a játékvezető magyarságával magyarázta egyik vitatott ítéletét, 2019 augusztusában pedig újabb etnikai alapú kijelentéseket tett róla az Astra–FCSB mérkőzés után. A Liga akkori elnöke, Dumitru Dragomir 2014-ben, a Marosvásárhelyi ASA–Steaua találkozót követően utalt arra, hogy Kovács a „magyarjaihoz” húzna. Tágabb értelemben ide sorolható a 2023-as Becali-nyilatkozat is, amelyben Kovács Szabolcs, István testvére VAR-szerepe kapcsán általában a magyar játékvezetőket támadta, és Kovács István nevét is beleszőtte a vádaskodásba.

